Giappone, 1926. In un passato alternativo il mondo e' sconvolto dalla guerra tra demoni e umani. Tokyo e' l'epicentro della battaglia e la lotta viene combattuta con i piu' avanzati ritrovati tecnologici. Il governo giapponese ha, infatti, messo a punto una squadriglia di robot, costruiti per essere guidati dalle capacita' spirituali dei piloti. Grazie alle loro spiccate abilita', le migliori combattenti si dimostrano essere le ragazze del "Gruppo d'assalto dei fiori". Il futuro della citta' e' nelle loro mani e le ragazze dovranno tornare a combattere con i propri mech per sventare il nuovo terribile attacco delle forze del male. La storia si colloca durante lo svolgimento di "Sakura Taisen 3" (il videogame uscito per Dreamcast) e vede protagoniste le ragazze del Tokyo Kagekidan. Mentre Oogami Ichirou si trova in missione a Parigi, la bella Ratchet Altair (il nuovo personaggio della storia... NdR) viene chiamata a sostituire il ragazzo all'interno dell'Hanagumi giapponese. All'interno del "Gruppo D'Assalto dei Fiori" ("Hanagumi") nasceranno dei forti dissidi a causa della differente mentalita' di Ratchet. Ma gli eventi precipitano e Tokyo viene attaccata nuovamente dalle forze del male. Sakura Shinguji, leader dell'Hanagumi, dovra' tornare a combattere con il proprio Koubu (tipo di mech) insieme alle sue compagne per salvare la citta' da questa nuova minaccia. Durante gli scontri Ratchet e le ragazze sapranno trovare un punto di contatto, superando i precedenti contrasti, e ad uscire vincenti dalla battaglia.
